a. Asal-usul Desa
Menurut informasi yang kami dapatkan dari arsip desa dalam laporan Kepala Desa tahun 1976, Desa Pandesari berasal dari 3 (desa), yang digabungkan menjadi 1 desa. 1) Desa WARU JAJAR, 2) Desa PANDE EMAS, 3) Desa SEBALUH, masing-masing memiliki Kepala Desa sendiri-sendiri.
Adapun sejarah singkatnya berawal dari zaman penjajahan Belanda yang terdapat 2 (dua) Desa yaitu Desa WARU JAJAR dan Desa PANDE EMAS digabungkan menjadi satu Desa yang dinamakan Desa PANDE JAJAR, dan dikepalai seorang kepala Desa bernama : P. ATEMO hingga tahun 1923.
Kemudian pada tahun itu juga Desa PANDE JAJAR dan Desa SEBALUH digabungkan menjadi satu Desa yang dinamakan Desa PANDESARI, dan dikepalai oleh seorang Kepala Desa bernama : P. MOELYO ASTRO dari tahun 1923 sampai tahun 1937.
Karena perkembangan jaman dan perkembangan peraturan maka Desa Pandesari terbagi menjadi 3 (tiga) wilayah dusun yaitu :
1. Dusun Krajan
2. Dusun Sebaluh
3. Dusun Jurangrejo
b. Sejarah Pemerintahan Desa
Pemerintahan Desa Pandesari mulai berdiri sejak tahun 1923, dengan kepala pemerintahan pertama kali yaitu Bapak P. Moelyo Astro Secara lebih jelas tentang silsilah pemerintahan Desa Pandesari sebagai berikut :
| No . Urut | NAMA | Mulai Tahun | Sampai Tahun | Masa Kerja | Keterangan |
| 1 | P. Atemo | 1919 | 1923 | 4 th | Kepala Desa Pande Jajar ( Pertama dan Terakhir ) |
| 2 | P. Moelyo Astro | 1923 | 1937 | 14 th | Kepala Desa Pandesari 1 ( Pertama ) |
| 3 | P. Soejono Koesno | 1937 | 1967 | 30 th | Kepala Desa Pandesari 2 ( Kedua ) |
| 4 | R. Joyo Prayitno | 1967 | 1987 | 20 th | Kepala Desa Pandesari 3 ( Ketiga ) |
| 5 | Wajib Abraham | 1987 | 1999 | 12 th | Kepala Desa Pandesari 4 ( Keempat ) |
| 6 | Drs. Agus Widarto | 1999 | 2007 | 8 th | Kepala Desa Pandesari 5 ( Kelima ) |
| 7 | H.Lukman Hakim, S.PdI | 2007 | 2013 | 6 th | Kepala Desa Pandesari 6 ( Keenam ) |
